• Nuôi trồng thủy sản

- Nghiên cứu công nghệ sản xuất giống thuỷ đặc sản nước lợ, mặn có giá trị kinh tế cao như cá biển, động vật thân mềm biển, cua biển, tôm hùm...- Nghiên cứu công nghệ nuôi thương phẩm các hải đặc sản có giá trị kinh tế cao, các mô hình nuôi bền vững phù hợp với điều kiện kinh tế xã hội ở Việt Nam.- Nghiên cứu các vấn đề về dinh dưỡng và thức ăn, bệnh và cách phòng trị bệnh, sinh thái và môi trường; công nghệ sinh học, di truyền chọn giống và bảo tồn gen các loài thuỷ sản quý hiếm.- Nghiên cứu nguồn lợi và bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản làm cơ sở cho công tác quy hoạch vùng nuôi, khai thác hợp lý nguồn lợi.- Nghiên cứu về đa dạng sinh học và bảo vệ bền vững môi trường, nguồn lợi thủy sản.

• Ngành Cơ khí - Tàu thuyền

- Nghiên cứu thiết kế, chế tạo các loại tàu du lịch, tuần tra, tàu khai thác thủy sản và các tàu chuyên dùng khác (tàu cứu hộ, tàu nhiều thân, tàu cánh ngầm...) bằng vật liệu composite.- Nghiên cứu cơ học và công nghệ vật liệu composite nhằm chế tạo các thiết bị chuyên dùng phục vụ ngành tàu thuyền, chế biến và nuôi trồng thủy sản.

• Ngành Chế biến- Công nghệ sinh học

- Nghiên cứu phát triển công nghệ sản xuất sản phẩm mới từ phế liệu thuỷ sản: chitin, chitozan, chất màu, hương liệu, keo cá, dầu cá, bột đạm thuỷ phân, màng sinh học....- Nghiên cứu tách chiết các hoạt chất sinh học từ sinh vật biển và ứng dụng sản xuất sản phẩm kỹ thuật, y dược: Carrageenan, enzyme, caroten, độc chất, hormon...- Nghiên cứu phát triển công nghệ sản xuất sản phẩm thuỷ sản có giá trị gia tăng: surimi, sản phẩm mô phỏng, thực phẩm chức năng...- Nghiên cứu xây dựng tiêu chuẩn, mô hình tổ chức kiểm tra, giám sát, cảnh báo các yếu tố nguy hiểm và độc hại trong nuôi trồng và chế biến thuỷ sản xuất khẩu.- Phát triển sản xuất sản phẩm xuất khẩu từ cà phê, trà, ca cao.

• Ngành Khai thác

- Nghiên cứu đảm bảo an toàn sản xuất cho nghề cá biển.- Nghiên cứu phát triển nghề cá bền vững.- Ứng dụng các thành tựu khoa học kỹ thuật, công nghệ mới (GIS, GPS, …) vào quản lý và tổ chức khai thác thủy sản

• Các ngành Kinh tế - Xã hội

- Nghiên cứu giáo dục nhân cách, ý thức chính trị và pháp luật cho học sinh, sinh viên của Nhà trường.- Nghiên cứu một số vấn đề kinh tế - xã hội cấp thiết như: đổi mới doanh nghiệp, cổ phần hóa doanh nghiệp, nghiên cứu quy hoạch phát triển bền vững ngành thuỷ sản và hội nhập kinh tế quốc tế.- Nghiên cứu ứng dụng các lý thuyết về kinh tế, quản lý sản xuất kinh doanh và phát triển bền vững ngành thuỷ sản vào điều kiện cụ thể của Việt Nam. - Nghiên cứu các mô hình quản trị kinh doanh; phát triển các loại hình doanh nghiệp; phân tích, đánh giá môi trường kinh doanh; phát triển và quản lý nguồn nhân lực; quản trị chất lượng.- Nghiên cứu xây dựng mô hình quản trị tài chính trong doanh nghiệp; nghiên cứu tổ chức thị trường chứng khoán ảo phục vụ đào tạo và học tập; xây dựng chiến lược và chính sách tài chính cho các công ty cổ phần.- Xây dựng mô hình tổ chức hạch toán kế toán cho các doanh nghiệp; xác định giá trị doanh nghiệp; các vấn đề về kiểm toán.- Nghiên cứu các vấn đề về thị trường, xuất khẩu phát triển thương mại hội nhập.

• Các lĩnh vực khác

- Nghiên cứu áp dụng các phương pháp dạy học tích cực.- Ứng dụng công nghệ thông tin vào giảng dạy, quản lý và NCKH tại Trường.- Ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý tài nguyên biển và quản lý số liệu ngành thuỷ sản.- Nghiên cứu giải pháp nâng cấp hạ tầng cơ sở công nghệ thông tin của Trường.- Nghiên cứu nâng cao chất lượng đào tạo toàn diện trong nhà trường.- Nghiên cứu biện pháp nâng cao năng lực và hiệu quả công tác quản lý Nhà trường.